A origem da povoação remonta provavelmente a 580-500 a.C. e terá sido fundada pelos Túrdulos (povo que habitava a Bética, hoje Andaluzia). Posteriormente, Linhares foi conquistada pelos Romanos e ter-se-à chamado Lénio ou Leniobriga. Entre o séc. III a.C. e a ocupação romana foi habitada pelos Lusitanos.
Quando os Romanos conquistaram a Península Ibérica Linhares da beira continuou habitada e passou a ser atravessada por uma importante estrada romana que ligava Emerda (actual Mérida, em Espanha) a Braccara Augusta (Braga). Restos de estrada romana são ainda bem visíveis na calçada tão peculiar que existe no meio de nada, pedras grandes bem polidas, memória de um passado muito distante . Existe também a ruína de um fórum romano, pequena tribuna sobrelevada, com um banco ao redor e uma mesa onde se tomavam decisões comunitárias ou se faziam julgamentos. É uma construção original e única: o granito, tão característico da região, é aqui integralmente utilizado. Com a progressiva chegada dos Bárbaros à Península, Linhares foi marco de cristianização, tendo-se tornado, com os Visigodos (séc. VI e VII), sede da Diocese.
Com a invasão muçulmana, que ocorreu após anos de existência pacífica destas comunidades, tudo se alterou. Viveu-se um clima de insegurança, com as povoações a voltarem-se sobre si mesmas, tendo a agricultura como única fonte de subsistência. A Diocese de Linhares deixou então de existir, tendo passado a sua sede para Coimbra.

Há inúmeras lendas que relacionam Linhares com a presença moura, tal como histórias de mouras encantadas que permaneceram no imaginário das suas gentes.

No ano de 900 Afonso Magno, de Leão, recuperou as terras até Coimbra. Linhares sofreu novo incremento em tempo de paz e era já de denominação cristã antes da fundação da nacionalidade portuguesa.
Menos de dois séculos depois, em 1169, D. Afonso Henriques conquistou definitivamente Linhares aos mouros, integrando-a numa linha defensiva da região, da qual faziam parte Trancoso e Celorico da Beira; em Setembro desse mesmo ano concedeu-lhe foral.
No entanto, o período de instabilidade prosseguiu e, segundo a tradição, no reinado de D. Sancho II, em 1198, a Beira foi invadida por castelhanos e leoneses que se apoderaram de Celorico.

Terá existido em Linhares uma colónia de judeus, tendo em conta os nomes que constam dos processos da Inquisição, como naturais da região. Dadas as características prováveis das habitações que serviam para comércio e residência, a judiaria situar-se-ia próxima do adro da Igreja, na parte superior da povoação, por aí se realizar uma feira. As habitações têm sinais característicos: cruzes apostas nos ombrais das portas, datas com referência à construção das casas, símbolos e outras inscrições. Esta simbologia encontra-se um pouco por toda a povoação.
O concelho foi extinto em 1842, data em que passou a ser apenas uma freguesia do Concelho de Celorico da Beira.