Também conhecido por Dr. João Calado Rodrigues, possui um acervo que integra quatro núcleos: história natural (importante colecção de fósseis, provenientes de formações do Pré-Câmbrico da região), etnografia (exemplares de cultura material de algumas profissões tradicionais), arte sacra (limitado a algumas peças de valor desigual) e arqueologia.
O núcleo arqueológico integra actualmente cerca de 6.000 existências, provenientes de prospecções e de escavações (com destaque para os registos de contextos de arte rupestre e para as colecções de indústrias líticas associadas aos depósitos fluviais do Tejo) e achados isolados com valor patrimonial (especialmente da Idade do Bronze). O acervo documental é igualmente importante, merecendo destaque a documentação de arte pré-histórica (pinturas e gravuras).

Horário:
Segunda a sexta: 10h00 – 17h30
Sábados, domingos e feriados: 10h00 – 17h00
Fora deste horário fixo, o Museu abre todos os dias da semana, a qualquer hora do dia ou da noite, desde que feita uma marcação prévia de 24h.